作者：pmgba--MelonGx
目录
Prologue
Chapter 1 —— 快乐新旅程
Chapter 2 —— 不稳的暗涌
Chapter 3 —— 长途跋涉的一天
Chapter 4 —— 黄昏草月
Chapter 5 —— 古老传说之谜
Chapter 6 —— 水到渠成
Chapter 7 —— 危机终于降临
Chapter 8 —— 生死一瞬间
Chapter 9 —— 最后的挑战
Chapter 10 —— 爆机后的新旅程
最终章外传系列：神兽剧情
Ending Theme
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序
Loading.....
游戏开始，噔噔噔噔——我们新作中的七釜户（ナナガマド）博士便闪亮登场，为玩家（1）解答游戏按键的基本操作问题（2）介绍Pokemon D/P的冒险世界观。若玩家对此已全部知晓，可选择「だいじょうぶ」（没问题）继续听博士的介绍（中途需要您用笔点Touch Screen的精灵球）。
接下来，终于到我们选择男女主角啦！玩家们会选择整装待发的沉着冷静男生呢，还是选择穿着迷你裙、一身轻装打扮的阳光少女呢？——俺？俺は……かわいい女の子が好きだ！！
（路人甲：变态…）
（路人乙：危险的大叔……）
（路人丙：红色有角三倍速萝莉控…………）（MelonGx：喂！！我唔系四哥吖～～～）
选好主角、起好名字后，博士便又介绍一位金色卷发少年（副主角）——他是主角的青梅竹马，也一并要求您为他/她起好名字。——我？女主角叫小光（ヒカリ），那位少年叫……小智（サトシ）！XD
（路人甲、乙、丙：………………（晕倒））
起好名字后，珍珠钻石的故事便开始啦！现在把镜头放到我们主角所居住的城镇——双叶镇（フタバタウン）。
第一章 快乐新旅程
冒险的开端——红色暴鲤龙？
故事一开始，便讲起很久很久以前，湖中出现红色暴鲤龙的传说——难不成真是「一只红色暴鲤龙引发的血案」？……原来是主角在看电视！-___-|| 虚惊一场。
电视节目结束后，忽然听见妈妈在楼下喊，于是主角急忙下楼：
「小光！你青梅竹马的玩伴小智刚才过来找你，而且看他貌似一副急匆匆的样子，不知道有什么要紧事呢？」
啥，副主角有事来找？看来事不宜迟，得赶快出发。正要出门时——
「小光，千万别一个人走进草丛哟！万一被小精灵袭击了那可是很危险的喔！」
「知道啦，妈妈～」主角立刻飞奔出门。
去哪儿好呢？正巧左上角是副主角家。主角正准备登门拜访时……
咚！
「哇！好痛吖！！……切，原来是小光同学啊。喂！我们去湖那边，动作快！先说好，慢的要罚100万YEN喔！！……糟糕，忘了东西。」说完副主角连忙飞奔回家。
主角觉得好奇，也一并跟进屋。来到副主角房间时……
「嗯……冒险笔记，全齐！（回头一望）小光！？你怎么还在这？……到底磨蹭些什么呀！这次再慢的话，可要罚你1000万YEN喔！！」说完他便一溜烟飞奔出门，留下主角一人满脸疑惑地呆在场。
来到201号路，只见副主角已经在路口等着了。
「喂，刚才看了电视吧？“红色暴鲤龙湖中出现之谜”——那个红色暴鲤龙，我总觉得就在我们镇附近的那个湖中！来，小光，我们一起去那寻找吧！」
之后副主角便强行加入主角队伍，真拿他没法子。正要向右走进草丛时，主角突然想起了妈妈说的话，于是一行人便向着左边的大路而行。走至尽头便到达了目的地——神事湖（シンジこ）。
进入湖的入口，两人赫然发现一名博士正带着一名叫光辉（コウキ）的小朋友在湖边的草丛中做研究。
「博士阿，好像您已经有4年没回来过这里了吧？」
「对呀，一直在忙着小精灵进化的研究而外出旅行考察，4年没有回来过这里啦！湖边的景观也不再是以前我所熟悉的了哪！……」
一番深深的感叹后，博士一行人便起身离开了湖。这时副主角忽然发现刚才的他们貌似遗漏了些东西……
「喂，小光，看样子他们丢了一件貌似超～好康的东西在那里喔！……没问题嘛！草丛里没那么容易出现小精灵的。而且有我在，包保没事儿！」
还未回过神，主角就已经被副主角强行推至草丛中。
「啥呀，我还当什么好东西呢，原来是个手提包……」
谁知此时，突然两只小精灵袭来！！
「哇……有没搞错？这下麻烦啦……怎么办吖……小光！快点想想办法啦！！……对了，那个包！」危急关头下，两人就此打开手提包——
三选一、拿图鉴！
001 ナエトル 小草龟 004 ヒコザル 小火猴
007 ポッチャマ 小企鹅
「ポッチャマ，きみにきめた！！」与动画情节一致地，我们的游戏主角也选择了这只自尊心强烈的小鬼头。
一番战斗之后，主角与副主角终于战胜了野生小精灵。此时副主角得意洋洋地告诉主角，他选了克制主角属性的小精灵。而就在此时，博士的小助手光辉回来了……
「太好了，手提包没事～吓？你们用了里边的小精灵？这可怎么办哪……死啦死啦…待会要挨骂啦……」
这下糟糕，主角一行人私自用了别人的小精灵，闯祸啦！此时副主角却做起了缩头乌龟，让主角带头去挨骂……（缩在女生背后算什么男子汉嘛！）可当主角一行人赶到路口，博士却没有怪责两位主角，没要回小精灵就和小助手光辉一起回研究所去了。主角一行人只好先回家。
回到家，妈妈在听完事件经过后，建议主角主动去向博士说明情况。临行前，妈妈了给主角一份出行礼物——跑步鞋（ランニングシューズ），自此便可以按B键加快行走速度（屋内户外均可）。
离开双叶镇向右边走，很快便到达了真砂镇（マサゴタウン）。主角刚一进镇，就发现光辉已经在路边等着。之后他便将主角引到博士研究所门口……咚！又和副主角撞了下，差点儿仆街。只见此时副主角一脸郁闷相，狂叫着「那个老爷爷真啰嗦」……看来他被博士骂得好惨了。主角见此心里不免有些忐忑不安。可当主角进入研究所、将情况老实向博士说明后，出乎意料地，博士并没有骂主角，还赞赏主角对小精灵的热爱，并干脆将刚才所选的小精灵送给主角作礼物！——当然，作为要求，博士要主角参与新奥地区小精灵图鉴的收集记录工作——小精灵图鉴（ポケモンずかん）到手！
（这集的图鉴只需要发现小精灵就算完成，不用捕捉。难度比以往作品降低不少。）
离开研究所后，光辉便拉着主角的手，边走边介绍起镇内的设施：
「这幢红色屋檐的建筑就是宠物小精灵中心（Pokemon Center），在这里可以为身上的小精灵回复HP喔！」
「这幢蓝色屋檐的建筑是友谊商店（Friendly Shop），在这里可以很方便地买到精灵球、伤药、解毒剂和各种其他的冒险物品，十分便利喔！」
最后，光辉拉着主角来到他的家门口：
「这里就是我的家，有空可以多来玩。只是……我也要帮博士完成新奥图鉴，要和刚才的最后一只小精灵一起出远门了。小光，我先走一步啦！……对了，早点回家喔！别让你的家人担心。」
回到家，妈妈帮主角的小精灵回复完HP后，决定支持主角外出旅行，并给了主角一本冒险笔记（ぼうけんノート）。正在此时，隔壁的大婶（就是副主角妈妈啦！）忽然冲进来，抱怨副主角连招呼都没打就先走一步了……问主角能否将一个包裹（おとどけもの）送给他？主角还在犹豫时，妈妈却抢先替主角答应了…………真没办法。
感受大城市的魅力！
从真砂镇上方的202号路走，见到光辉，他便演示给主角看如何捉小精灵。演示完毕后，光辉便给了主角5个精灵球，然后先走一步了。这条路上开始有小精灵训练员要挑战。一路穿过草丛、挑战训练员后，主角便来到了长寿市（コトブキシティ）。
刚一进城就遇见光辉，从他口中得知貌似这城市的小精灵学校很有名，直接去看看。哇！副主角竟然在这里？
「啥呀，原来是小光同学。你来到这里，打算做啥来着？……咦～送包裹给我？噢！谢谢你。……等我打开来看下先……是两张地图嘛！我只要一张就够了。反正多出来一张，小光，这个给你！（地图（タウンマップ）到手！）对了，我得先告诉你，我已经决定要成为最强训练员！噢，糟糕，没工夫和你聊了，我得先赶去附近黑金市（クロガネシティ）的道馆（GYM）挑战！」说完副主角一溜烟地离开学校。
Tips：
学校里面右上角2位学员是可以单挑的，小心他们的凯西会用除TELEPORT的其他招噢！战胜他们后，从左边的学员处可获得TM10 觉醒之力（めざめるパワー）。
学校的左边是GTS中心，可惜没有徽章不能进去。拿了徽章之后便可来到GTS，与全世界玩家在Wi-Fi互联网内交换小精灵。
城右边出口（通往203号路）的建筑中可以拿到先制之爪（せんせいのツメ），左边通往218号路的出口处有名钓鱼大叔会给主角破烂钓竿（ボロのつりざお）。
ポケッチ，ゲットだぜ！！
在PC回复HP后，主角继续走着，忽然被一位大叔叫住了：
「耶？看你的样子像是一名训练员，但为何没有POKETCH（ポケッチ）的？POKETCH是Pokemon Watch 小精灵手表的简称，是目前在训练员中最流行的东西喔。你来得正巧，大叔我正是POKETCH的发明家。现在我们正在举办一个活动，不知你有没兴趣参加呢？——有？好。那么就在整个长寿市里找出3个小丑（ピエロ），回答他们的问题，答中后得到他们的3张兑换券，即可从我这儿获得一份POKETCH礼品！」
找那3个小丑倒挺简单的，只要是头戴猫耳状黄色帽子的就是。Quiz嘛……
（1）战斗中打败对方小精灵，经验会增加、能力会变强吗？
（2）小精灵与招式的属性相同时，威力会增强吗？
（3）每只小精灵是否只能持有一件道具？
（MelonGx：这问题好白痴……）
正确回答以上问题后，便能从3个小丑处得到3张兑换券，换得POKETCH。之后「发明家」（其实就是POKETCH公司的社长！）离开。
POKETCH会显示在Touch Screen中，刚入手时有（01）NDS时钟（02）计算器（04）计步器（方便孵蛋用XD）（05）查看身上小精灵4项功能。
矿区之旅，黑金徽章GET！
往右边出城，副主角便前来找你单挑。战胜副主角之后，一路走过203号路，发现一个洞窟叫做黑金大门（クロガネゲート），一进洞便发现一名胖子叫住主角，然后他给你HM06 爆石（いわくだき）（HM者，Hidden Machine秘传机器是也），但需要拿到徽章才能使用其地图功能。接着往右走，战胜数名训练员后，很快就能出洞，到达黑金市（クロガネシティ）。
（路人甲：「爆石」！？上厕所开大号？？？） <<< 广东话
（路人乙：不对啦，那是「碎岩」。不要老起那种会引起歧义的名称嘛。）
主角一进入黑金市，就被一位老兄拉去GYM挑战，但到达GYM时却发现副主角站在门口，貌似出了点状况。
「……啥呀，又是小光同学。现在才来？果然又和以往一样慢吞吞的。……你问我怎么回事？馆主不在呀！……对了，他一定是跑到黑金煤矿（クロガネたんこう）去了！算了，我不管你啦，反正我早已拿到徽章。」
按着副主角的指示，主角来到了黑金市右下角的黑金煤矿。在煤矿的最深处发现了正在勤奋工作的俵田（ヒョウタ）馆主。他在演示了一遍爆石……呃……不、碎岩的地图功能之后，便接受主角的挑战，回到GYM。俵田馆主使用的小精灵为岩系，小拳石和大岩蛇不用说很好对付，但最后一只的No.36 ズガイドス（头盔龙）物攻威力较强，要注意。战胜馆主后得到徽章和TM76 岩石伏击（ステルスロック），碎岩机器也能用了。
おまけ：Wireless篇
走进黑金市的PC准备回复HP，赫然发现B1F（地下一楼）已经开启，马上下楼。一位自称叫青菜（アオナ）的柜员小姐将主角叫到柜台前，并给主角朋友手帐（ともだちてちょう）。和朋友们在B1F WI-FI通信过一次后，便能在此手帐中查到Friendly Code，与朋友们互相交换Friendly Code便可在WI-FI上更方便联络朋友交换/对战。
另外，黑金市某民居有人想用凯西交换腕力，去右边的207号路捉一只拿去通信好了。
第二章 不稳的暗涌
踏上新旅程
正要从左边离开黑金市时，忽然又见副主角：
「喂！小光，拿到徽章了？真有你的。下个GYM应该在白带市（ハクタイシティ）吧？那边的207号路看来没有单车是上不去了，算了，绕远路的途中练小精灵也好。就这样啦！我先RUSH回长寿市，下一个目标是白带徽章！」
主角也不闲着。先到刚才黑金大门的洞穴深处去探一探好了。在那里发现了TM70 闪光（フラッシュ）（老秘传机器05降级啦！），和一个地下湖泊，由于目前不能游水，只好先返回。
回长寿市的途中，夜幕逐渐降临。在草丛中发现了白天捉不到的小精灵，机会可别错过。
银河兵团登场！
回到长寿市，正准备往上走，赫然发现博士和光辉被两名可疑人物缠住了：
博士：「小光你来得正好，这两位不知为何缠住我们说些教人听不懂的东西，我的血液都快要凝固了！」
可疑人物A：「这博士还真难缠！我们奉命办这件事，你！快把研究成果交给我，不然的话你的小助手我可不敢担保不出什么事哦～」
光辉：「我才不怕你们呢！小光！我们一起对抗他们两个吧！」
一场2v2对战过后，两名可疑人物终于撤退。
博士：「那些自称银河兵团（ギンガだん）的家伙，似乎在追逐着提取利用小精灵进化的能量。但他们想用这些力量来做什么？小光，看来这趟训练员的路途可能会变得很漫长，那么就由你在收集图鉴的过程中，自己去寻找正确的方向吧。」
光辉：「博士所从事的研究有90%是与进化有关的，而且目前的研究完成度也达到了90%，但是，这些以外的部分就要靠我们一起努力啦！在此为你加油！」
说完，博士他们便赶回研究所去了。此时忽然来了一名大肥仔，自称是长寿电视台的工作人员，对主角的这场战斗赞不绝口，还送主角一个装饰品包（アクセサリーいれ），用来装选美用的装饰品。
电视台攻略：
（1）一楼有「幸运大抽奖」，奖品貌似与金银版相似？
（2）二楼有位姐姐给主角装饰品「主角初选小精灵的面具（小光初选的是ポッチャマ，得到的面具就是ポッチャマおめん）」，左边的里屋可以给小精灵戴上装饰品打扮照相。
（3）三楼里屋是一堆记录排名数据的机器……另外，三楼大堂中会见到电视台的监制，他会问主角对电视节目的「感想」和「意见」，一共两句话。只要主角输入了Pokemon-Daisuki官方网站（www.pokemon-daisuki.com）所举办之D/P「暗号（あいことば）」活动的答案，便可获得小精灵电脑箱子的壁纸！（当然电脑用的壁纸也少不了 XD）
（4）再次找到电视台监制，在「感想」处输入「みんな」「ハッピー」（大家开开心心），在「意见」处输入「Wi-Fi」「つうしん」（Wi-Fi通信），监制顿时大为诧异主角竟然懂得内行们才知道的暗号，更破天荒送了一份礼物给主角——于是，开始菜单中便增加了「神秘礼物（ふしぎな おくりもの）」。
主角再度整装出发，往上走过204号路，来到了废弃捷径（あれたぬけみち）。之前来过的朋友会发现这里被许多小石头挡路，现在有了碎岩机器便可通过了。左边的水道边有TM39 岩石封印，右边则是出口。出去时仍是204号路，左边有TM09 种子机关枪，往上直走便到达园宁镇（ソノオタウン）。
园宁镇大事件：发电厂危机！
园宁镇名副其实是靠养殖花草树木而闻名的小镇，整个镇上都种满了不同品种的花。主角来到镇上的花店，从左边的大姐姐处得到了傻鸭喷壶（コダックじょうろ）用以种植果实浇水用（浇水时还可以左右走动，给同一块地的其他树浇水），从右边的大姐姐处得到了No.01~05随机一颗果实，而花店的柜台则是用果实交换装饰品。另外镇上的民居中还能得到TM88 啄树果（ついばむ）。
主角再走到镇的左上方，却发现两名银河兵团堵住了一个入口，不允许主角进入。这帮家伙来到这个小镇到底要干什么？
主角离开小镇，往右行至205号路，发现一名小萝莉……噢不、小女孩哭着请求主角帮她去发电厂找爸爸。主角很快到达了右边的谷间发电厂（たにまのはつでんしょ），却发现这里也被一名银河团员堵口。看来这起「发电厂小萝莉爸爸诱拐记（XD?）」里隐藏着银河兵团的一件大阴谋！一不做二不休，开战！可战胜那名团员之后，却发现要进入发电厂还缺一把钥匙。
205号路上方已被银河兵团占领，不能通行，主角只能回到小镇中。这时主角突然发现左上角的园宁花圃（ソノオのはなばたけ）入口已可进入，连忙赶过去看看。果然见到两名银河团员正在威胁一位老伯！主角二话不说，与他们开战！（一对一连续两场）打败他们后，他们留下发电厂钥匙（はつでんしょキー）后仍气势汹汹地撤退。主角顺利拿到钥匙，并获赠老伯的一瓶甜蜂蜜（あまいミツ）。
蜂蜜使用说明：
（1）直接在草丛/水道/山洞中使用，必定遇到野生小精灵。
（2）将蜜糖装置于路上的黄色大型树木，过6个小时之后树会摇动，此时调查可遭遇某些稀有的小精灵，如：ミノムッチ、チェリンポ、ヘラクロス、エイパム、ミツハニー等（PS：以后还可以找老伯买蜜）。
拿着钥匙去发电厂清场！一路打到最后，终于见到了一名名叫火星（マーズ）的银河兵团干部（这名字起得真够火星……）。从她口中得知银河兵团强占发电厂的原因是为了得到强大的电力，但用这笔电力来干什么却不明——想要电为什么不自己发？而去抢别人的东西？这不明摆着是抢劫嘛！！主角为心底的正义感所燃烧，进而向火星干部提出了单挑！一番激斗后，主角终于将火星干部击败，成功打跑银河兵团。此时，小女孩来到发电厂，终于见到了她爸爸。可惜主角却什么礼物也没得到，只得收拾行装，继续旅程。
白带森林：初次二人组队！
穿过205号路上行部分，很快便到达了白带森林（ハクタイのもり）。进森林前的小屋可回复HP。甫一进森林，就有一位名叫小红（モミ）的小姑娘因为害怕刚才的银河兵团而要求与主角同行，并担当每次战斗后回复主角小精灵HP的工作。一起同行后，野生小精灵战和双人训练员战是两人出场（不用担心她的吉利蛋，每次新战斗必回复），单人训练员则只有主角出场。野生时必须打倒其中一只小精灵才能捉另一只，否则会因为精灵球无法定位而两只都捉不到。
快到森林出口时，主角发现上边有块草地被几棵树木拦着，无法进入。而且主角感觉那里的气氛好像有点阴森……终于，二人到达了出口。此时小红感谢主角陪她一起走过森林，便先辞别主角走了。离开森林后，再往右走一小段便到达了白带市（ハクタイシティ）。
白带市
白带市的建筑很多，有姓名判断师的家（1F有小精灵通信交换，2F有TM67 道具回收（リサイクル）），有地下探险爷爷的家（与爷爷对话获得探险装备（たんけんセット）），还有单车店、GYM……等等。PC中有位大姐会给主角的POKETCH增加（06）亲密度检查器（なつきチェッカー）功能，并且还能为主角排头小精灵分析亲密度。
地下世界专题：
（1）拿到探险装备（たんけんセット）后，在全国范围的任何一个空地、草丛地带，均可使用该道具，进入地下世界。地下世界分为6个区域，入口处的地下世界方位对应着该处新奥地图的方位。另外，回到地上时，无论主角走多远，均是回到地上入口处。
（2）地下世界可多人联机游戏，但无法WI-FI上网。
（3）NDS的上屏显示地下世界的绝对地图，下屏（Touch Screen）则显示主角所在的方位。主角进入地下世界后，会在上屏随机出现一些黄色发光的星星，主角走近该处后，用笔触摸Touch Screen，能探测到附近的宝物反应，有反应的地点会发光，主角可走近该处按A键调查。多人游戏时，挖掘宝物会变成竞争的关系。
（4）地下能挖掘到的宝物有：各种颜色的玉石（xxタマ），各种进化石（火水电草日月、及不变之石），心之鳞片（ハートのウロコ），KO状态回复药，卖钱的东西（星之碎片、白色粗骨头——非骨棒嘎拉用！），各类化石（红绿2化石、宝石2化石、珍钻2化石、秘密琥珀——红绿化石、珍钻化石每版本只能得一种）——化石可以拿去黑金市博物馆复活，各类天气持续时间延长石头，以及各类石板（xxxxプレート）等。
（5）地下世界的某些固定地点会有老伯卖东西，有的是用来陷害其他联机玩家、使其慢一步挖宝的陷阱，有的是秘密基地的各类摆设物品。地图四角的老伯则是拿地下挖掘到的实体宝物拿来换玉石的。另外，老伯卖的东西会一天变换一次，想收齐的朋友便要天天来找老伯喽～
（6）玉石拿到一定数目后会因为装满而不能继续拿，此时可将同一颜色的玉石堆积于同一块空地，玉石的重量便会累积，按「最大块玉石重量+小块玉石重量之和÷4」得到累积后的一块玉石。
（7）秘密基地攻略：首先找卖陷阱的老伯，购买挖洞钻头（あなほりドリル），然后找一处你想要建造秘密基地的地方，使用钻头钻出一个洞，秘密基地建造便完成。基地中主角可将所有摆设物品存入电脑，并最多放置10个摆设。另外，基地中有许多讨厌的石头，需要和其他建造秘密基地的玩家联机，展开「秘密基地夺旗活动」——就是到人家的秘密基地去，把他/她电脑的旗子偷出来！然后放到自己秘密基地的电脑里去。中途要特别小心对手们设下的陷阱！夺满一定数目的旗后，主角的夺旗等级便会上升，基地讨厌的石头数目便会下降。夺满50面旗后，基地的所有石头便能够完全消失。大家努力「偷」旗吧！
（8）其实，地下探险爷爷也会按部就班地教玩家如何上手地下世界，并给予一定的地下世界用奖品。日文不错的玩家其实可以不用看这段话了，自己去爷爷那边获取资料吧～
主角来到了下方的道路入口，忽然被一名研究员叫住了，原来他就是光辉的爸爸呀。和大叔打声招呼后，他便给了主角学习装置（がくしゅうそうち）作为完成30只以上小精灵图鉴的奖品。主角正想继续前进时，却被警卫告知前方是Cycling Road，没有单车不能通行……于是主角来到了单车店，却发现店长不在，从店员口中才知店长去了银河兵团大厦却彻夜未归……
好个银河兵团！竟然干出绑架平民的勾当，不可饶恕！于是主角便四处寻找银河兵团大厦的位置，终于在市的北边见到了一幢宏伟的大楼。「这就是银河兵团大厦了！」主角想。可是大厦的入口被一排树木挡着，主角无法进去……
这时忽然走来了一名金发黑衣的「谜之美女」，并和主角打上了招呼。她自我介绍说她的名字叫白菜（シロナ），是一名正在做小精灵神话传说调查的训练员。她说这个白带市建造了一座古代小精灵的雕像，附近好像有一股非常强大的神秘力量，如果主角寻找小精灵的话不妨可以去那看看。然后她给了主角HM01 居合斩（砍树机器）。
主角按着白菜小姐的提示，来到了雕像跟前。只见雕像下刻着一行解说文字：
「生み出されしディア…私たちに時間を与える。笑っていても、涙を流してい…同じ時間が流れ…それはディア…のおかげだ。」
其中有些文字已被擦过，无法辨认清楚。看上去像是向对方表示崇高敬意的祷文？主角再在附近慢慢寻找，终于在雕像背后捡到一个隐藏道具龙之石板（りゅうのプレート）——石板的背后又有一行字？「その物、時間空間をつなぐ、3匹のポケモンをも生み出す」看上去好像蛮深奥的样子……暂时是解不开了。算了，先放一边。
注：
石板背后的那行字，每次游戏所显示的都不同，计有以下8句：
这些文字看上去都是在说明石板由来的古老传说……究竟意味着什么呢？目前仍然不明。算了，先当属性加成道具用。
挑战GYM！白带GYM除了画面是全3D之外，还是一个过关斩将式的道馆，主角需要根据提示依次找到4名训练员并与之战斗，全胜后才能挑战奈多音（ナタネ）馆主。馆主的压轴小精灵为双色玫瑰（ロゼリア）的最终进化型，速度快，要注意。战胜馆主后获得森林徽章和TM86 植物捆绑（くさむすび），砍树机器也能使用了。
挑战银河兵团，救出老板，获赠单车！
得到砍树机器后，主角马上奔向那幢银河兵团大楼（楼外右边的小道上有TM46 小偷），「Pokemon钻石之救助队」任务一「单车店老板营救计划」始动！经历一连串战斗后，主角终于打败了绑架单车店老板的银河兵团两位干部撒旦（サターン）和朱比特（ジュピター），成功将单车店老板救出。回到单车店，主角立即获赠最新款的单车（じてんしゃ）——按B可切换「普通」与「神速」两种速度。
外传：白带森林的洋馆
话说主角得到砍树机器之后，忽然想起白带森林还有一些需要砍树的地方没去探索，便专程赶往白带森林。
森林的外边有条小路，主角一路砍树，没发生什么事件，却捡到了不少宝物。计有银粉（ぎんのこな）、TM82 梦话（ねごと）等。途中的一位姐姐还会给主角装饰品。
回到了白带森林，天已黑下来了。主角来到那片需要砍树才能进入的草地前，砍树进入，赫然发现前方是一幢华丽但却十分破旧的洋馆（もりのようかん）！主角走进了洋馆，忽然屋里响起了令人毛骨悚然的BGM……该不会是幢鬼屋吧？……切，鬼屋而已嘛，怕个啥。
于是主角在2F的左右两房间中调查到了森林羊羹（もりのヨウカン）和黑脸石板（こわもてプレート），总算有所收获。然后主角便进入了2F的里屋，发现有5个房间。第一间房除了一堆书外什么都没有，第二间房却发现了一架电视机，里头播着奇怪的节目……第三间房貌似是主人卧室，但一个人都没有。来到第四间房时……咦？有个小女孩从隔壁房间走出门？主角忙追出门外，想问问有关这洋馆的情况，可是一出到走廊，却是一个人影都没有。会不会她又回房间里去了？于是主角走进第五间房，但结果仍然是空无一人。主角再回到第四间房，又见到了那个小女孩从隔壁房间走出门……不会吧？真的撞鬼咯！
主角再不敢呆在2楼，忙溜到1楼的餐厅。……咦？怎么有位老伯从桌子那头飘向左方？主角忙跟到餐厅左边，又是一个人影都不见。……鬼呀！！！——主角大叫一声，然后飞速夺门而出。
（第二章完）
第三章 长途跋涉的一天
再次踏上新旅程
在Cycling Road飙车其实并不是件很爽的事情……因为好多使用飞行系PM的训练员来找你单挑。到达终点后，一名金发女孩会送主角装饰品：一面「旗（フラッグ）」。
离开Cycling Road时忽然在右上角发现一条需要砍树过去的小道，貌似是去刚才在飙车道上看到的高架桥底？那里好大雾喔，还是迟些再去好了。往下走则是207号路，通回黑金市。在路口又见到光辉，无论主角答「左（ひだり）」还是「右（みぎ）」他都会送你对战搜索器（バトルサーチャー）和探宝机（ダウジングマシン）——这集的探宝机是整合进POKETCH的（07）号机能，使用更方便。
外传：迷路洞窟之旅
话说主角心痒痒忍不住要跑到高架桥底去逛一逛，于是我们的镜头便来到了206号路的桥底部分。（未完待续）
去黑金市回复HP之后，再度回到207号路的右侧，很快到达天眼山（てんがんざん）。在山洞里主角见到了一不知名蓝发男子：
「你对这个世界的起源了解吗？这座天眼山，据说是新奥地区最早发现的地点。那时候的世界应当是没有像现在那样的任何争端的，小精灵比拼等争斗和现在可谓完全不同。既然你是小精灵训练员，我想要让你尽量记住这番话。虽说人的心灵总是脆弱的，某些东西对他们来说要做到很艰难。就这样，抱歉阻你时间。」说完他便离开。
此人究竟是何方神圣？暂时不管他，往右走没几步路就能出洞。经过208号路很快到达缘市（ヨスガシティ）。途中有人给你重要的石头（かなめいし），貌似是一块地下世界中弄到的石头。另外途中的一间小屋「果实爷爷之家」，主角可以找爷爷一天拿No.01~25随机一颗果实，找小孙女给POKETCH加上（08）果实搜索器（きのみサーチャー）功能，和找大婶买种植果树用的肥料。
（重要提示：购买肥料后，由于肥料是在道具栏里，普通道具将可以埋进土地中。此时千万不可埋普通道具！否则该道具将永远损失）
参加选美大赛！
一进入缘市，就遇到一只兔女郎小精灵向着主角奔跑、投入怀中。随后一位大姐姐赶到……
「太好了！碰巧遇见了你，我们真有缘！刚才我还在担心我的小Mikuru跑到哪儿去了……小Mikuru，回到精灵球去吧～对了，我叫美美，是小精灵选美大赛的审查员。为了感谢你，请一定到选美大赛会场来找我～」
走在缘市空旷而宁静的街道上，顺便打探各种消息。这不，找到一位选美大赛会场的向导，正巧让他带路。到达会场后，却发现一名全身行头紫色的贵妇人站在门口。
「哎哟，对不起！是来参加选美大赛的吗？嗯～请玩得尽兴～BTW，缘市GYM的馆主美莉莎的选美大赛战绩简直酷毙了～嘿嘿，就是我啦～等你变强了之后，有缘的话便来和我对战一回～」
原来是馆主大姐呀！不过既然来到了选美大赛，先进会场吧。咦？除了刚才那位大姐姐之外，妈妈也在这！？
美美：「啊……原来你是彩子的千金呀！那么在选美方面已经很有一套啦？」
妈妈：「嗯……怎么说呢？我没有和小光讲过选美的事情耶……呃，你们认识？」
美美：「对～刚才她帮了我好大忙呢。（对着主角）这是按约定给你的礼物。（装饰品「漂亮闪光粉（キラキラパウダー）」GET！）选美的时候妆扮上它们，效果可是非常不错喔。那么，我等你参加大赛的好消息。彩子，我先去工作啦。」
妈妈：「怎样，吃惊了吧？其实妈妈闲着没事跑来缘市找以前的死党玩，见到你在这里，妈妈也很吃惊耶。……想参加选美大赛？要把小精灵打扮得漂漂亮亮的才行喔！这个给你。（从妈妈手中得到一套洋装（ドレス））这套挺合适你的，因为是妈妈帮你选的嘛。那么，玩得开心点～妈妈先走啦。」
选美大赛会场的右边是练习柜台，中间是参赛柜台，左边是联机选美。主角发现中间的参赛柜台有一名屡败屡战的参赛者，便上前与他搭话。他得知主角想要参赛，便连忙让出了位子，并问主角是否愿意要他的一个面包（ポフィン）？但当他得知主角连装面包的盒子还没拿到时，他便让主角去市中心的「小精灵爱好协会」处问问。主角忙赶到「小精灵爱好协会」，见到会长正坐在沙发上长篇大论讲耶稣。主角好不容易听他讲完，会长此时流下了高兴的泪水，激动地称赞主角是多年来第一个听他把耶稣讲完的人，并送主角一个面包盒（ポフィンケース）作为礼物！这时再去找那位老兄，便得到了超级面包（五项选美人气值各+60，光滑度40）！
面包小技巧：
（1）做面包的地点在缘市的PC下方的小屋中。可以一人做，也可以联机多人做，但没有了NPC合做。
（2）
（3）利用「超级面包」成功达到5项选美人气值255大法：其实很简单，只要有2台NDS、两片Pokemon D/P游戏（其中一片必须可随时重玩，或烧录卡存档无限LOAD）即可。方法则是①随时重玩or烧录卡提供超级面包②把需要吃超级面包的小精灵通信交换过去吃、再传回来③之后随时重玩or烧录卡马上开始重玩or读档④重复以上步骤。此方法虽然笨和繁琐，但对于正版卡带有个优点——保证游戏数据的合法性，避免因为修改游戏数据而参加不了日本任天堂的官方活动。
D/P版的选美与宝石版的系统差别非常大，各位玩家若想要迅速上手，可先去右边的练习柜台做选美三大项比试的练习。D/P选美比试分3项：外观、舞蹈、演技。
外观：除了看5项选美人气值之外，还要看给小精灵佩戴的装饰品与参赛外观主题的符合程度，两样都要有好的表现才能拿高分。
舞蹈：就是跟着音乐节拍跳舞。在一场舞蹈比赛中，每只参赛小精灵都会做3次伴舞者和1次带舞者。伴舞时只要跟着节拍，在音乐每小节后半段，用笔按中Touch Screen的正确颜色按钮即可。带舞时则要跟着节拍，在音乐每小节前半段，自己随意按出有节奏感的拍子。
演技：即宝石版选美的招式比拼。D/P的演技比起宝石版的招式有相当程度的弱化，如取消了「减好感度」这一要素，大幅降低了招式好感度增加值，简单化了招式的类型，缩短演技表现时间为4回合等。这次的评判增加到3名，并且参赛者可以自由选择评判。每回合结束后，各评判都会给选择自己的参赛者额外的好感度加分，当有参赛者选择同一评判时，此额外好感度加分值便会减低。具体的演技策略在此无法一言蔽之，留待将来的专题再与大家讨论。
缘市（ヨスガシティ）
缘市的环境比较优美，空气新鲜。适合居住及参与各种的休闲活动。这不，市的最上边就有一条小精灵散步道。在那里，训练员可以带着可爱的小精灵一起散步，增进相互间的感情。怎样才算「可爱」呢？唔……像暴鲤龙那类是肯定不行的。皮卡丘应该可以，但暂时捉不到……未进化的初选小精灵？呃，貌似主角的已经进化了……干脆就傻鸭好啦！到208号路去捉一只。在散步道中，主角捡到了TM43 秘密力量、TM45 着迷、怪物石板（もののけプレート），以及在上方的一幢沙堡中捡到了能使战斗所得金钱x2的金币护身符（おまもりこばん）四样道具。另外，走满200步之后可以从小精灵身上得到No.26~35随机一颗果实喔！
来到缘市PC旁边的小屋，原来这里是新奥地区小精灵电脑管理员水树（奈奈？）小姐的家。之后存放小精灵的电脑就会改名为水树的电脑（ミズキのパソコン）。来到市的右下角那栋大厦的2F能得到道具贝壳之铃（かいがらのすず），装备上与小精灵对战，可将给对方伤害的1/8回复为自己HP。至于市的左下角那栋欧式风格的白色建筑物则是教堂，但似乎今天没有礼拜活动。
缘市GYM——暂时不能挑战？
是时候去GYM找馆主大姐了……她竟然不在？！正准备到下边去寻找，谁知这时副主角再度出现并和主角单挑！战胜副主角后，主角往下边的212号路去打探消息，却发现电视台封了212号路拍电视剧外景，不能通行。于是主角只得往右边的209号路出发。在城里打听到了关于遗迹的情报，也好，过去看一看。正当主角要出城时，发现有位肥仔大叔站在城边，问主角有没兴趣领养一颗小精灵蛋？恰巧主角身上有小精灵空位，便欣然接受。
来到209号路，找一名钓鱼大叔拿到了好钓竿（いいつりざお）。咦？不远处的小溪边有只野生皮卡丘？上前去看看……晕，原来是一名COSPLAY皮卡丘的训练员！空欢喜一场。继续走，途中见到一个类似火山口的地方，可以将刚才208号路上得到的かなめいし装上去，而后得知此地原来是御灵之塔（みたまのとう）的遗址。之后在地下世界与累积32个人联机对话，回来此处调查，可捉No.108小精灵。
继续往前走，快到隋镇（ズイタウン）时发现一座失落的塔（ロストタワー），进去调查，原来是座幽灵塔！挑战完所有训练员后来到顶层，获得HM04「怪力」（推石机器）和减少小精灵出现率的辟邪符（きよめのおふだ）。（中途2F有まんまるいし，4F有TM27 报恩）
隋镇的古老遗迹
别看隋镇是个小镇，设施还挺多的喔，有饲养屋（终于可以生蛋啦！）、有遗迹……什么，遗迹？心痒痒，一定要进去看……原来是间未知怪兽UNOWN的遗迹。主角在考古学家MelonGx的超强翻译帮助下，终于去到了遗迹最深处。结果仅获得四样道具：金蛋（卖5000块钱的）、升级糖、奇异石板（ふしぎなプレート）和怪异蛊（あやしいおこう），和以下这段话：
FRIEND
全ての命は別の命と出会い 何かを生み出す
PS：在遗迹左边的小屋能得到贴纸盒（シールいれ），在遗迹捉到UNOWN之后，带给得到贴纸盒的小屋中的那名从遗迹中走出来的小正太……噢不、小男孩看，可获取相应UNOWN文字的贴纸。
漫长的草丛地带
210号路是高草丛地带，我们可以利用「高草丛不能行车」的特点避开野生小精灵。在某处高地有位女子给你TM51。走到210与215号路交叉口，发现一间咖啡店，进去坐一坐……没想到里面的服务生和顾客几乎全是训练员！还好柜台是正常的，可以买磨磨牛奶（モーモーミルク）。咖啡店左边被四只傻鸭堵口了，看起来它们好像头很痛的样子，可惜主角目前帮不到什么忙……
215号路全天候下雨，而且还是一条蜿蜒曲折的复杂路线，训练员和草丛多如牛毛，避无可避。我们的主角虽然淋成了落汤鸡，但终于还是捱到了最后，到达「帐幕市（トバリシティ）」。途中捡到了TM34电击波、TM66等招式机器，以及拳头石板（こぶしのプレート）。
帐幕市：疯狂支出、物价飞涨！
进入帐幕市，即刻见到银河兵团的人马在城市上边貌似仓库的地点集结。暂时不理他们，先进城兜一兜。哇！百货公司、游戏机中心，荷包无可避免地大出血……
（1）百货公司：1F卖药和球，2F卖兴奋剂，3F卖TM，4F卖装饰品，顶层除了有汽水之外，还有人给主角くっつきバリ。另外1F能获得装饰品「光辉初选小精灵面具」。
（2）游戏中心：有COIN CASE就可以过来玩。
（3）COIN CASE：在去GYM那条路右边第2间民居的一名小丑手中，但拿的方法比较BT，需要猜在小丑的左手或右手，可实际在哪只手全凭随机……（指定其中一只手狂选就OK！）。
（4）游戏币兑换中心：在游戏中心的右边。这里的招式机器储量丰富，而且多了许多新机器以2000-8000游戏币不等高价出售，可这还是便宜的，三大游戏币兑换招「十万伏特」「冷冻光束」「喷射火焰」身价竟然暴涨至10000！——就算对777达人而言，连中数十次777对他们来说也是噩梦……
（5）右上角的银河大厦：看来是银河兵团的一个核心据点，目前无法进入。
（6）其他：拿COIN CASE的旁边那间小屋，屋主可以为主角小精灵做美容，增加亲密度。小屋外面的大叔会给你TM63 さしおさえ。
真正的3rd GYM！
帐幕GYM是个格斗场馆。但可能由于工程建筑的关系，需要来回推动那些机床才能到达小李（スモモ）馆主处。馆主的最后一只小精灵竟然是「波导之勇者」ルカリオ！速度快物攻强，而且附带钢系，大家务必小心。打败馆主后获得徽章和TM60 吸血拳（ドレインパンチ），飞天机器可以使用了。
飞天机器在哪里？
挑战了GYM，得到的徽章却不是启动在隋镇幽灵塔拿的 HM04 推石机器，而是启动飞天机器。究竟飞天机器在哪里？离开GYM，光辉突然找主角救命来了：
「小光，帮帮忙！我的图鉴被银河兵团的家伙抢走了，他们就在附近不远的地方！」
走到刚进城的那个仓库，光辉正在和两名G团团员争执不下。主角即刻加入战圈！二人合力打败他们后，其中一名将图鉴扔给光辉，和另一名悻悻离开，走入右上角的仓库小屋。主角进屋，发现里面的通路有一道门把守，没钥匙进不去。但皇天不负苦心人，主角在旁边拣到了HM02 飞天！
第四章 黄昏草月
钻地入手！
从下方的214号路离市，不远处会发现一个山洞，洞里住着一名遗迹狂热者(いせきマニア)。他会叫你把所有26个字母的UNOWN收齐然后找他。在旁边可得到TM28钻地（挖洞机器）。
本作的挖洞地图功能较GB/GBA有更明显的减弱，某些能遇到小精灵的地方已不能用，但战斗时威力增强至80。
26个字母UNOWN全发现之后：
主角再度来到此地，发现这个小山洞已被那名遗迹狂热者挖掘成了一条隧道（マニアトンネル）。里面更可捕捉No.122沙暴河马。隧道的最尽头通往遗迹的上部一间神秘的房间内。主角在房间中调查，发现一行古文字：「！？」……这又是啥意思呀？正当主角百思不得其解时，遗迹中出现了样子为「！」及「？」的UNOWN小精灵——原来如此！
214号路上有不少珍贵道具，如巨型树根（おおきなねっこ）可使吸血招式的吸血量加倍，此处更可获得新奥地区地上唯一的一片心之鳞片（ハートのウロコ）。
湖边的度假村
走过214号路后便到达山脊湖畔（リッジこのほとり）。湖的入口被两名SECU以保护湖泊生态为由而拒绝进入，只能继续向下走。结果我们来到一处别墅区。刚进别墅区时，主角遇到了一名站在别墅外、表情很困惑的女子。一问才知是她的钥匙掉了，进不了门。于是主角便答应帮她找找。
别墅区的环境很优美，有泳池，有山坡，房间也很宽敞明亮，可惜不能住。山顶上是游戏设计者在游戏中的度假屋，收齐图鉴时或许可以找他。山坡中间是餐厅，可以找里面用餐的训练员每天1V2，超多钱！在出口左下方的一栋别墅能得到TM92「TRICK ROOM」。出口处可以与SECU对话回复HP。另外，右边通往海滨市（ナギサシティ）的路由于停电而在大抢修，暂不能通行。
咦？出口处探宝机有反应？主角顺着探宝机指点的位置，发现了一把房间钥匙（ルームキー）！难道这就是刚才那位姐姐不小心丢失的钥匙？主角忙跑回去，将钥匙交给姐姐，她见到钥匙时又惊又喜，急忙打开门让主角进来。进屋后，刚才的姐姐送给主角一块煎饼（フェンせんべい）以表答谢。
离开别墅区，往左穿过213号路的白色沙滩和草丛，便能到达野濑市（ノモセシティ）。途中除了拣到TM40 飞燕疾击之外，在沙滩边上「足迹博士的家」若您的排头小精灵走了12800步，博士会给它一个RIBBON。
野濑市攻略
野濑市的规模其实类似城镇多一些。设施不多，但挺具有代表性。
（1）这里有间类似SAFARI ZONE的地方名叫「大湿原（だいしつげん）」，花500 YEN 30个球进去捉一捉小精灵。刚进门与一名少年对话，便能得到HM05「消雾（きりばらい）」。
（2）大湿原门口的撑公主伞小姐会给主角装饰品「副主角初选小精灵面具」。
（3）下方靠水边的小屋是学小精灵旧LV招式的地方，需要的东西和宝石版一样，是心之鳞片（不是蘑菇！）。
（4）左下方的小屋能每天获得一颗No.36~52新版果实。
（5）学旧招地点的左边，是间No.045 ミノムッチ研究家的小屋。主角将ミノムッチ的3种形态（捉来时的绿叶状、草地对战后变成的泡沫状、室内对战后变成的粉红色干瘪状）全收集齐（身上需要一种一只）给屋主看，便可获得道具竞争背心（きょうせいギプス）。
挑战野濑GYM！
野濑GYM为一水系道馆，里面布有按钮机关控制馆内地板升降。馆主马克西（マキシ）的小精灵都是我们熟口熟面的一些水系精灵的进化，总体实力较平均。打败馆主获得湿地徽章和TM62 潮水（しおみず），消雾机器可以使用了。
（第四章完）
第五章 古代传说之谜
废柴团员追逐战！
在大湿原门口见到一名银河兵团团员。这家伙自大过头了，一不小心就暴露了他们团打算在山脊湖有所动作的阴谋，结果被主角两次追问得超级郁闷，急忙向右灰溜溜地出城。主角正要出城追捕时，天公不作美，又遇到副主角前来单挑！真是的，怎么在这紧要关头烦人嘛。战胜副主角后：
「变强了一点嘛，上次输给你时我还真吓一跳。……那么，刚才的G团团员是怎么回事？我说啊，小精灵以外的家伙那样慌张逃跑的，肯定不是啥好东西。那么再见啦！下次见到你我绝对不会手下留情的。」
向213号路一路追出去，在沙滩上又见到那小子，再追问，再跑，一直追到湖入口附近。那家伙终于避无可避，终于与主角开战，打败他！之后他连逃的力气也没有了，只好爬回帐幕市去。
主角来到湖边，碰巧遇见了当初在白带市给主角砍树机器的白菜小姐。原本她是想进湖考察的，结果到现在仍被保安守着进不了，只好作罢。忽然她想起210号路咖啡店旁边傻鸭头痛的那件事，便问主角能否过去帮忙医治好它们？主角义不容辞地接受。白菜小姐便给了主角秘传药（ひでんのくすり）。
解决傻鸭头痛事件！
飞到隋镇（从这边走比较方便，GOGOGO），单车速度全开！立马飙到目的地。主角对着傻鸭们使用秘传药，过了一会儿，它们的头痛貌似全消除了，之后一个个溜回草丛中去了。这时白菜小姐赶到：
「太好了！谢谢你帮傻鸭们医好了头痛。可是令它们头痛的原因我还是搞不清楚耶。对了，再帮我做一件事好吗？把这个护身符交给巫镇（カンナギタウン）的奶奶。通往巫镇的途中或许还会遇到稀有的小精灵噢。（五代护身符（ごだいのおまもり）GET！）我奶奶是怎样的人呢？有点忘记了……对了！她是巫镇的长老，这样说你应该就能很快找到她啦。至于巫镇在哪嘛……看地图就能知道啦。好了，我们有机会再见面吧～」
辞别了白菜小姐，主角继续往上走。前方整个视野被灰蒙蒙的大雾所笼罩，主角忙使用装备消雾机器的小精灵将雾吹散，终于可以看清前面了。于是主角一路穿过草丛，爬上山坡，挑战训练员，捡道具（途中有TM30 影子球和野生精灵战必定逃跑成功的烟雾球（けむりだま）），终于到达了山顶的巫镇（カンナギタウン）。
巫镇
（1）左下角小屋可给POKETCH装上（12）石英钟机能。
（2）PC中一位大叔会视排头小精灵亲密度而给主角精灵球。
（3）左上角小屋是SHOP。里边的一名顾客会给主角专爱眼镜（こだわりメガネ）。
巫镇的中央是个盆地形结构，正中间是座神殿，上方则是个貌似很古老的山洞，洞口两侧雕刻着两只从没见过的庞然大物。究竟它们是何方神圣？……等等，洞口前站着一名看上去很眼熟的人，对，银河兵团！看来他们是无孔不入呀。上前打败他！
赶走银河兵团的人后，一名老奶奶出现并赞赏主角「勇者救村」。忽然她发现主角带着白菜的护身符，主角便知这位原来就是白菜的奶奶、巫镇的长老，连忙将护身符交给她。为答谢主角，长老便请主角参观这山洞中的遗迹。
巫镇遗迹的传说
走进遗迹最深处，发现墙上刻着三个奇怪的模样，中间的圆状物还会发光。正在主角为此疑惑时，长老进来讲起有关此处遗迹的传说……
「这壁画……那里有神的存在，神拥有着强大的力量，那些力量化身成为了三只小精灵，因而它们固若金汤地维持着整个力量的平衡……这可是巫镇流传下来的新奥地区的古老传说了。对了，还有好东西给你。这是我孙女以前留下来的，她不会用，所以就直接送你。（HM03「乘浪」（游水机器）GET！）噢，差点忘了提醒你，要用上这个秘传机器，得先拿到缘市GYM的徽章才行喔！」
出门之后，发现一名貌似有点眼熟的蓝发怪人在叹息：
「总觉得这世间的争斗越来越无聊透顶了。纵览这世界应该还有更高级别的事物存在呀。对，就像宇宙那样的广阔。我的名字叫赤木（アカギ），为了消除无聊的争斗，建设理想的世界，而四处寻找所需要的力量。看来，这里也没有我想找的……我记得在天眼山见过你？如果有发现任何传说中的力量存在，请一定告诉我，那是使世界获得新生所必需的东西。」说完他便离开。
终于轮到缘市GYM啦！
直接飞到缘市（你想踩单车/步行从原路返回么？HOHO~）挑战GYM！这个道馆的机关比较简单，属问答游戏Quiz型。选中正确答案方向的门，就可以避开训练员直接挑战馆主美莉莎。馆主使用的是鬼系小精灵，而且都是熟口熟面的角色（耿鬼及梦妖进化等）。战胜她后获得三环徽章及TM65 影子爪（シャドークロー），游水机器可以使用了。
各地游水拾遗一览：
道路：204——潮汐香炉（うしおのおこう），205——见外传，209——TM19亿万吸收
城镇：双叶镇——かなめいし，野濑市——神秘水滴（しんぴのしずく）
废弃捷径：左边游水通往最深处能得到TM03水之波动和xx香炉。
黑金大门：B1F最深处能得到TM01气合拳、TM31爆瓦片，和隐藏道具大地石板（だいちのプレート）。
外传：达达拉炼铁厂
主角的小精灵学会乘浪（游水）后，主角闲着无事跑到205号路、发电厂旁边的水域转了转，碰巧获得了TM24 十万伏特。主角喜出望外，心想如果往河流的反方向游过去，又会到达什么地方呢？于是主角便逆流而上，到达了尽头，终于发现一处入口和一片草地。走进入口，发现是园宁花圃的上半部分。这里有许多隐藏道具，以及奇迹种子（きせきのタネ）、叶之石等宝物。从这里可跳回园宁花圃的下半部分，也就是找老伯买蜜的地方。
回到刚才的入口处，主角走过那片草地，赫然发现一大幢类似厂房的大屋立在眼前。主角仔细一看铭牌，上面写着「达达拉炼铁厂（タタラせいてつじょ）」，(TO BE CONTINUED...)
第六章 水到渠成
离开缘市GYM，发现白菜小姐已经在门口等着了。一番交谈后得知银河兵团开始有比较大的动静了，因此她建议主角查询古代小精灵的资料，地点就在长寿市左边「未央市（ミオシティ）」的图书馆。Yes！新目标，马上出发！
飞到长寿市往左出城，经过218号水道后很快到达未央市。在未央市入口处再次见到光辉的爸爸，他会给主角增强图鉴显示不同性别小精灵姿势的机能。其中No.60显示的姿势并不是不同性别差别，而是不同海域的品种差别，这点要注意。
进入未央市，正要从中间的桥过河对岸，副主角又来找主角单挑！战胜他，然后去挑战GYM！
未央市道馆由钢筋骨架加全自动电控上下层塔板组成。虽说是家钢系道馆，但附带地面系如大钢蛇、甚至大岩蛇都有不少。馆主冬瓜（トウガン）的最后一只小精灵的钢系招式是特殊攻击，特殊防御不强的小精灵要加倍留意。战胜馆主后得到地雷徽章和TM91光栅加农炮（ラスターカノン），之前第3章得到的HM04推石机器（怪力）可以使用了。
未央市城镇攻略
（1）刚进城的那间小屋有TM48特性交换（スキルスワップ）。
（2）再往上，过了SHOP的那间小屋是忘光光老爹的家（终于可以忘记秘传机器招式啦！）
（3）左下角船长的家旁边有艘游艇，可以乘船去北方的某个岛玩玩。
（4）右上角的那间旅馆一直都锁着门……究竟会隐藏些什么东西呢？
外传：钢铁岛之旅！ 主角坐上了游艇，过不久便到达了新奥地区西北边的钢铁岛（こうてつしま）。岛中几乎全是3X级的岩系小精灵，以及不少训练员。在B2F有一名叫做小严（ゲン）的训练员和主角共同组队，又可以每次战斗后回复HP了。让主角惊奇的是，小严的小精灵也是「波导之勇者」ルカリオ！正想问他如何得到时，不知不觉两人已走到B2F的尽头……什么？银河兵团也来这里想搞破坏？绝对不能原谅！两人最后一次使出友情与勇气的力量，终于成功将那两个贼赶跑！在分别的最后，小严给了主角一颗小精灵蛋，并祝福后会有期。最后，主角在出口处捡到了一颗光之石（ひかりのいし）。
蛋中孵化出来的小精灵会是什么呢？（答案：No.115 リオル）
（第六章完）
第七章 危机终于降临
离开GYM发现副主角在门口等着，他先是不得不肯定了主角的实力，而后便叫主角去图书馆。当主角来到图书馆3F——
「快，小光，这里这里！」然后副主角便将主角带到一张对面有人的桌子边坐下，「爷爷，我把小光那家伙带过来啦。那么，我走先啦！」
博士：「………………………………………………」
副主角：「呃……我知道了啦。」然后不得不乖乖坐回来。
博士：「唔……全到齐了。你们两个，给我听好！你们几乎全忘了我在做小精灵进化研究，可我现在越研究越做出一堆搞不明白的东西来。已进化，或是未进化，有什么地方搞错了么？未成熟的小精灵们作为生物还能进行进化吗？如果是那些不被认为能进化的传说中的小精灵，那状态就是它们的最终形态了么？……对了，在新奥地区有3个湖，传说湖中分别有3种不同的梦幻小精灵。如果你们能够发现它们，就将资料传送给我，或许我能发现些什么东西。拜托大家了！不管怎样，我都希望你们能发现那些梦幻小精灵们！」
副主角：「为什么我也要！我又没拿到小精灵图鉴。」
博士：「你这小子……本来打算给你的，但在给你之前你就已经飞奔出门了。唉算了！用你们的眼睛好好观察各种小精灵，这是让你们的阅历增加的最重要一件事！」
光辉：「我同意！这样的话，大家的图鉴完成度更高，博士的研究就能更进一步。」
博士：「嗯……我已经帮大家决定好了，3个湖就由你们3人分头行动吧。光辉，你去神事湖。（光辉：知道！）小智嘛，我就拜托你去英知湖（エイチご），就在刀锋市（キッサキシティ）的旁边，那边任务很艰巨喔！（副主角：好吧好吧！搞什么一定要我去嘛，而且还是去那个「H」湖……）然后，小光你去山脊湖，那地方大概就在帐幕市和野濑市中间……」
突然「咚！！咚！！咚！！」地好几声！整个图书馆都受到强烈的震动。
博士：「……终于停下来了。大家没事吧？小心点，我们赶快离开这里，这座城市貌似有什么不祥的事情发生。」说着一行人急忙下楼去，「小光，你也尽快下来！」博士临走前叫道。
忽然想起了白菜小姐的话，主角便冒险开始寻找有关传说的资料。正巧，整个3楼都是新奥地区古老传说的文献。一一读完这些文献后，主角大概掌握到了古老传说的资料：
「古时候新奥地区的人们，与小精灵的生活一直很融洽，他们互相帮忙，团结友爱，甚至还互相爱慕对方而结婚。而整个新奥大陆的起源则是由一位创造世界的主神，制造出两个分身、三种生命；神向分身祈祷，生长出万物，神向生命祈祷，万物便有了心灵，创造完了世界之后，神便开始长眠。」
银河兵团：3大湖泊强袭！
离开图书馆时，并未有人发现未央市有被破坏的痕迹。忽然有人报告214号路下边的山脊湖被人用炸弹炸了！紧接着又传来「咚！咚！」两声，看来事态已非常严重。
「事不宜迟，我们立即出发起程！」副主角说完马上离开现场。重要关头他还挺有责任感的嘛。
我们的主角则按博士的吩咐，首先来到了214号路下边的山脊湖。可一来到后却发现，湖中的水已被抽干，鲤鱼王们早已跳得筋皮力竭，但仍在拼命使出吃奶的力气跳动着。果然是银河兵团搞的鬼！将这帮不知天高地厚的家伙们肃清之时，忽然发现湖中央有个小洞穴！？进入洞穴发现一片荒迹，只见一名蓝色翘头发大叔在中间站着。这家伙貌似有点眼熟？去问问看……原来是白带市银河大厦被打跑的其中一个银河兵团干部「撒旦」！想报上次一箭之仇？没那么容易！很快将这干部搞定之后，他却仰天长笑，说主角来迟了一步，银河兵团早已将湖中的传说小精灵「意志之神」アグノム捉走了！而下一个目标将会是神事湖……糟糕，博士和副主角他们有麻烦！
立马飞回家，往神事湖飙车过去。博士在入口处捏着一名银河兵团团员耳朵，告诉主角光辉已经被银河兵团捉住了，要主角迅速救援。二话不说，进去开片！走没多远便发现光辉正被一名同样眼熟的银河兵团干部劫持着——对，就是在发电厂见过的那个火星干部！为了营救光辉，主角与火星干部展开了激烈的单挑，终于将其打败！此时火星干部因再次败给主角而面容变得扭曲起来，但是她很快便恢复了正常，然后残酷地告诉大家：主角们仍未成功阻止这次行动，神事湖中的传说小精灵「感情之神」エムリット也已经被捉走了！下一个目标将是——英知湖的「知识之神」ユクシー！
现在只剩最后一个湖了，不容有失！更何况驻守英知湖的副主角那小子一直以来都标榜自己实力最强，可是主角仍放心不下。飞到巫镇，往左经过211号路（右段）来到了天眼山的北部入口（此区域中有TM69）。在入口附近使用推石，便可通达天眼山北部的地下湖泊（需消雾）。此地小精灵LV骤增至3X，要注意。于此地冲浪、碎岩、推石拣走一系列道具（计有升级糖、PP UP、金蛋、软沙（やわらかいすな）、发光黏土（ひかりのねんと）等）之后，往上边走便可离开天眼山，来到了地图北部的暴雪地带——216号路。
雪地穿行
216号路的雪势已经很大，某些地段积雪深厚，主角更被迫以龟速穿行。训练员战时的天气也转变成暴雪状态，非冰系小精灵每回合将被扣最大HP的1/16。终于走到了尽头的一间小屋，里边的女主人可以帮主角回复小精灵HP。再度整装出发！往上走来到217号路。忽然暴风雪比刚才还要剧烈数倍！地面积雪更是差不多埋到了主角的头部。可主角也不是这么容易就退缩的，一步一个脚印奋力向前走，终于穿越过了这片暴雪地带。（某M：这么冷的天气还穿迷你裙？-_-||）
在217号路的半路途中、靠左边的一间小屋前，主角从屋主口中得知他的HM08掉在了屋外的不远处。主角忙去门外仔细寻找，找到了TM07 冰雹……噢，不是这个！再仔细慢慢寻找，终于被主角在小屋的后方找到了HM08攀岩（ロッククライム）！回到小屋，主角正想将HM08交还给屋主，可屋主却谢绝了，说谁拣到就归谁，并还慷慨地给主角一块冰柱石板（つららのプレート）。217号路右边也有间小屋，屋主会给主角增强鬼系招式伤害力的诅咒护身符（のろいのおふだ）。
就在快要接近刀锋市（キッサキシティ）时，主角发现了英知湖（エイチご）的入口——可是已经被两名银河兵团团员堵住了，不让进。形势非常严峻，主角只得改变策略，转入附近的刀锋市去寻找有无可能的援手……
刀锋市（キッサキシティ）
整个刀锋市均被长年的积雪所掩盖，和外面的雪地一样，不能踩单车。左上角的小屋可用瑜珈王通信交换鬼斯通，但鬼斯通并没有进化成耿鬼！原来鬼斯通身上带着一颗不变之石（かわらずのいし）……正上方的刀锋神殿目前尚未开放，不能进入。下方有艘船通往地图东北部的新岛，但目前仍未起航。
貌似整座城市都没有人为主角进入英知湖提供援助，主角只能先挑战GYM再说。希望副主角在英知湖里吉人自有天相吧……
刀锋市既被称为「雪之城」，GYM也自然是冰系。此道馆的中间被三列共8个雪球所阻隔，必须通过高低差滑行来冲破这些雪球，才能到达馆主处。左右两列均很容易，但中间楼梯的一列（最关键的一列）则需要通过找寻其他横向位置的高低差滑行来破解。馆主铃菜（スズナ）的小精灵有狃拉的进化、冰树王等，既有攻又有守，还有暴雪天气辅助，但在火主角小精灵面前则较为吃亏（分别被它的格斗和火系招式4倍克死）。战胜铃菜馆主后获得冰川徽章及TM62雪崩（ゆきなだれ），攀岩机器的地图功能亦能使用了。
各地攀岩拾遗一览：
道路：210——龙系最强招式学习小屋，211——TM29 精神妨碍，213——TM05 吼叫，216——TM13 冷冻光束
城市：帐幕市——满腹香炉（まんぷくおこう，卡比兽生蛋用）
山脊湖畔：TM85 食梦（丢钥匙女生的别墅旁边）、POKETCH机能（15）投硬币（コイントス）（右下角需要专门攀岩到达的别墅）
第八章 生死一瞬间
英知湖——宿敌败走麦城
挑战完刀锋市GYM之后，主角奇迹般地发现英知湖入口已可通行。心中忽然感觉不妙，赶忙跑进湖，一看，还好，副主角没事，可他的脸部表情却已经呆滞得严重扭曲。站在他身旁的则是银河兵团另一名干部「朱比特」。
「怎样，没戏唱了？看来你和你的小精灵一样嘛，都只不过是一群废物罢了。这样也想来阻止我们的行动……我看你还是放弃你的什么精灵掌门人梦想比较好。噢，没时间再和你们闲聊，我要回帐幕市基地覆命。」朱比特轻蔑地道。
说完，朱比特便起身离开。在入口处遇见主角，还不忘警告几句。主角来到一蹶不振的副主角面前，得到的是一阵沉默。突然，副主角歇斯底里地大叫着：「是呀！我在那些银河兵团面前毫无还手之力呀！那只叫ユクシー的小精灵我只能眼巴巴看着它被捉走呀！！……我，我……」说着竟嚎啕大哭起来。
激战！帐幕市·银河兵团基地
事件已发展至此，主角一行人便没有了退路。于是主角只得来到帐幕市，与银河兵团试着决一胜负。在银河大厦的门口，只见一名废柴团员正在YY门口的卫星天线，但当他发现主角时神色极为慌张，一不小心还把仓库钥匙（そうこのカギ）给掉了下来。主角捡到了这意外掉落的馅饼，忙向仓库奔去。
进入仓库后，一路挑战下来，竟然发现已到达大厦的一楼（入仓库时有暗之石（やみのいし），1F能拿到TM49 抢夺（よこどり））。来到2F之后先别急上楼，走至左边的传送点，被传送后一路挑战至尽头，发觉走到了刚才仓库里门锁着进不去的那块区域。这里能得到TM36 毒液炸弹和银河兵团钥匙（ギンガだんのカギ）。原路返回大厦3F拿完TM21 迁怒后，主角发现此处已是DEAD END，只得离开仓库，从银河大厦正门继续打。
从正门进入大厦，用钥匙开门后一路行，到达3F的一间电视室。从里边传送点可被传送至两张床铺处回复HP，再上楼梯至4F，便到达银河兵团BOSS的办公室。原来BOSS就是那位曾在天眼山和巫镇遗迹门口见到的那名蓝发男子！
「原来属下报告的、阻挠我们干部的小鬼训练员，就是你啊。我知道你来这里的理由，是为了那3只湖中的小精灵吧？那些小精灵现在已经没用了，你愿意就带它们走吧，我也省得去处理。但是在此之前，我得先让你见识一下银河兵团初创时期的力量！」说着，银河兵团BOSS赤木老大便开始与主角交战！一阵激烈的战斗后，主角终于赢了赤木老大。
「原来如此。果然有一手。不过按你的解释，你的力量源泉应当来自于对小精灵的热爱与友情对吧？真是可惜，那只不过是欺骗人的把戏罢了。那些看不见的东西都是在不停摇动的，而后渐渐消失，直至死后消亡。唉算了，我讲的话你不会明白的。我只想给你一样东西，你若能肯定自己的实力与勇气，就将它们全部奉献给这个吧！（得到MASTER BALL（マスターボール）！）这个精灵球，无论哪一种类的小精灵都必定能捉到，但对我而言已经无用。因为我一不会和你们这些训练员一样，与小精灵成为伙伴；二也不会和我的部下们一样，将小精灵作为工具。我只想小精灵的力量与我的力量合二为一而已。对了，如果你想救那3只湖中的小精灵，尽管去那边的传送点，我完全不在乎，我现在只要去天眼山，就足够了。对，就是我和你第一次遇见的那个地方，那里的山顶上。然后，一切都会结束。不，应该说，一切，才刚刚开始。」
解救传说中的三圣……菇！
按着赤木老大留下的信息，主角走向了那个黄色的传送点。刚一到达，主角便被眼前的场景惊呆了：大量的实验容器中装满了恶心的绿色培养液，其中更有少许物体正蠢蠢欲动。此地不宜久留，主角赶忙走进最深处的实验室。
进入实验室，主角更是惊讶得说不出话来：三只传说中的湖中小精灵，正被三个巨型实验容器与一台超级主控电脑连为一体，它们大口大口地喘着粗气，想反抗但却耗尽了能量、无力回天。此时主角见到了上次在山脊湖中战胜过的银河兵团干部「撒旦」。
「你竟然为了救这些小精灵特意前来此地？我不明白赤木老大在想什么，但为什么他会让你这样的小鬼如此自由地行动？我们银河兵团从来就以独占需要的东西、抛弃无用的东西为宗旨……算了，说了也是没用的。既然你来到这里，那我就好好「招待」你，算是对前两次打败我的复仇吧！」说罢开战！
经过一番苦战后，主角还是赢了。
「……可恶……为什么你的实力会那么强？……不管了，这三只东西随你怎么处置吧！按下这台机器的按钮，它们便自由了。反正老大已经将它们三只身体上的结晶制成一把红色的锁，貌似那就是可以在天眼山上召唤些什么的东西吧。至于老大在那具体做什么，我就不知道啦！」
说罢，主角便上前按下机器的白色按钮，果然，三只蘑菇样的传说中小精灵被释放出了容器，而后逃出大门去了。
天眼山——一切事件的发源地，一切事件的终结
主角仔细回想与赤木老大第一次遇见的地点……对，就是207号路的天眼山入口！在当初遇见的地点，主角并没有发现些什么东西，除了下方冲浪过去有颗觉醒石（めざめいし）。可当主角正想着无功而返、要走出洞时，突然见到了远处墙顶上有个醒目的印记——楼梯！赶忙返回入口处，从上边的小池冲浪过去。到达楼梯下方，攀岩！之后主角便来到了天眼山的2层。
在2层一路向前走，捡起不少道具（其中有著名的旧招新机器TM80 岩崩（いわなだれ）），遇见不少接近LV40的小精灵，并且还要一路打败把守路口的银河团员。终于，主角来到了天眼山的山洞外。这里离山顶还很远，算是山脊吧，但已经是飞雪连天，主角也快要被冻得抽筋了。赶快去找个小洞避一避，但这区域有3个小洞，该去哪里？经过反复尝试，主角最终来到了最左边一大堆草丛边上的小洞（看来距离最远的才是正确的呀）。经过了这个小洞后，主角爬到了更高一层的山坡上。这回主角吸取了教训，走向了路途最尽头的那个小洞。果然没押错注码，经过一系列对银河团员的攻防战后，主角终于来到天眼山的海拔最高地带——枪之柱（やりのはしら）。
走入枪之柱，发现赤木老大和两名女干部已经在此地进行着一项复活仪式。赤木老大将前面撒旦所提到的、三圣菇的身体结晶所制成的红锁，打开了一道召唤大门，召唤出了神话传说中的「时间之神」ディアルガ（Diamond版，Pearl版则是「空间之神」パルキア）！并放射出黑色的光圈，以及五彩鲜艳但教人感觉恐怖的条带，笼罩着整个新奥地区。「如此则整个世界都将被毁灭，所有的争斗均将被消除，被扭曲的时间就算我也没办法将其停止。这个世界的小精灵将只会剩下这只时间的化身、ディアルガ！！这正是我所期望的究极世界！！而我，将会成为这个世界的神！！哈哈哈哈哈！！！！！」赤木老大仰天狂笑着。此时的主角终于认清了这位满口大义凛然的家伙的真面目，他之前所说的那堆漂亮话，全只不过是为了掩饰自己过度膨胀的野心而捏造的歪理，实际的他却是个为达目的不择手段的恶徒！主角怒火冲烧，立马冲上前去准备和他战斗，却被他的手下——火星与朱比特两位干部给拦住了。而这两位干部还卑鄙地想与主角玩2V1！正当主角陷入困境时……
「等一下！！」副主角此时突然出现，「这么重要的战斗，没有我参与，那岂不是太没趣了？对不对，小光同学？」说着向主角瞟了个眼色。主角明白了怎么回事，会意地露出笑容——2V2，开始！
经过两人的完美合作，终于打败了两位干部。此时的副主角终于又找回了训练员的自信，但他的作战能力却也濒临极限。「小光，让我帮你恢复HP吧！接下来全靠你啦！！」
此时的「时间之神」开始散发出更强烈的蓝光，赤木老大欣喜若狂，以为自己的计划即将进入成功的最后阶段。但是，就在此时，三圣菇突然出现，将赤木老大赖以召唤用的红锁给破坏了！而且更让众人惊讶的是，神事湖的那只红色圣菇エムリット，竟然主动跳到了主角的身边！赤木老大眼看着自己突然间失去了一切，主角却得到了支持，终于忍无可忍，暴怒着与主角展开一场生死决战！经过一番惨烈的激斗，主角以最后一只小精灵（企鹅皇帝）发动水系特性的微弱优势，战胜了赤木老大。
失去了一切的赤木老大，精神早已濒临崩溃，再没有足够的筹码来实行他的恐怖计划。临行前他丢下了一句话：「我，总有一天会回来，再度成为这个世界的神！再来夺回属于我的究极力量！！」
主角望着赤木一行人的背影，摇了摇头。过度膨胀的野望，不仅会为他人带来灾难，给他们自身也只能带来不幸。
虽然万恶之源——银河兵团已经彻底撤离，但危机仍未过去。「时间之神」开始暴走，毁灭世界的能量波动越来越大……这时博士和光辉赶到。见着如此场面，博士忍不住惊呼：「时间之神啊……它，在发怒，在悲鸣……我仿佛听到了它正在呼唤小光你……有些什么心声想要对你说……小光，博士拜托你！上前去倾听它的心声，了解它的感受，把它从他人擅自解开封印的痛苦中拯救出来吧！」
「小光，刚才我遇见了小智，他对我说，他全心信任你！只要是你，就绝对没问题！我和他的想法也一样！你一定行的！因此，请救救那只小精灵吧！让它从被银河兵团擅自召唤出来的痛苦之中得到解脱吧！」
博士、光辉、副主角……谢谢大家！！
于是，主角鼓起勇气，向着「时间之神」的方向走去……
息怒吧！天使即将降临！
